Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri består af et departement og Styrelsen for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri. Der er i alt ca. 2150 årsværk, hvoraf ca. 133 årsværk hører til i departementet. Institutionerne agerer som en samlet koncern:
- Departementet varetager politikudvikling, ministerbetjening og den overordnede styring og udvikling af ministerområdet.
- Styrelsen varetager myndigheds- og forvaltningsopgaver samt den ministerbetjening og politikudvikling, som kræver nærhed til driften og styrelsernes faglighed.
Ministeriets behov for forskningsbaseret rådgivning varetages gennem aftaler med Danmarks Tekniske Universitet (DTU), Aarhus Universitet (AU) og Københavns Universitet (KU).