Ministeriet har et omfattende EU-samarbejde hvor ministeren deltager i EU's ministerråd for landbrug og fiskeri, der afholdes cirka 11 gange om året. Medlemslandene har besluttet fælles politik i mange forhold, der handler om fødevarer, landbrug og fiskeri.
I Bruxelles varetager ministeriets udsendte fødevareattachéer forberedelse af og deltagelse i møder i EU-regi med kollegaer fra andre medlemsstater.