Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri består af et departement og tre styrelser: Landbrugsstyrelsen, Fiskeristyrelsen og Fødevarestyrelsen.
Der er i alt ca. 3000 årsværk, hvoraf ca. 200 årsværk hører til i departementet. Institutionerne agerer som en samlet koncern:
- Departementet varetager politikudvikling, ministerbetjening og den overordnede styring og udvikling af ministerområdet.
- Styrelserne varetager myndigheds- og forvaltningsopgaver samt den ministerbetjening og politikudvikling, som kræver nærhed til driften og styrelsernes faglighed.
Ministeriets behov for forskningsbaseret rådgivning varetages gennem aftaler med Danmarks Tekniske Universitet (DTU), Aarhus Universitet (AU) og Københavns Universitet (KU).