Nitratdirektivet forpligter EU’s medlemsstater til at udarbejde nitrathandlingsprogrammer bestående af regler, der skal reducere og forebygge yderligere vandforurening, som skyldes nitrater fra landbruget. Hver medlemsstat er forpligtet til at vurdere - og om nødvendigt revidere - deres handlingsprogram mindst en gang hvert fjerde år.

Handlingsprogrammet består af allerede kendte og vedtagne foranstaltninger, der implementerer konkrete bestemmelser i nitratdirektivet. Grundlæggende består det af nitrathandlingsprogrammet for perioden 2008-2015, som blev forlænget 21. december 2015 suppleret af en række justeringer. Foranstaltninger, der følger af udmøntningen af Fødevare- og landbrugspakken fra 2015, herunder fx udfasning af reduktionen i bedrifternes kvælstofkvoter og indførelsen af husdyrefterafgrøder er blevet indarbejdet. Derudover er kvælstofkvotereduktion, der eventuelt kræves af bedrifter, der i forbindelse med den målrettede efterafgrødeordning ikke har etableret pligtige efterafgrøder i tilstrækkeligt omfang, også en del af nitrathandlingsprogrammet.

Den samlede implementering af nitratdirektivet i dansk lovgivning blev for første gang i 2012 beskrevet i et samlet dokument (”Danish Nitrates Action Programme 2008-2015”). Den danske implementering af nitratdirektivet blevet opdateret i juni 2017, som forefindes i kapitel 3 i dokumentet ”Oversigt over den danske regulering af næringsstoffer i landbruget og det danske nitrathandlingsprogram”.

Yderligere indsatser med henblik på at reducere kvælstofbelastningen kan findes i vandplanerne, der følger af implementeringen af EU’s vandrammedirektiv fra 2000.